eclipseは起動時に次のレジストリからcygwinのパスを取得している。USERの方が優先。 HKEY_CURRENT_USER\Software\Cygwin\setup\rootdir HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Cygwin\setup\rootdir cygwinのディレクトリを移動するときは、レジストリを書き換えるか…